A série segue a misteriosa Motoko Aramaki enquanto ela realiza uma investigação sobre um incidente em uma fábrica de órgãos e suas conseqüências. ela está fugindo para limpar a bagunça e se salvar no processo Enquanto isso, os ex-membros da seção 9 investigam o Motoko para descobrir quem ela realmente é. (Fonte: ANN)
O Koukaku Kidoutai 2: Manmachine Interface foi originalmente lançado em formato de capa dura em um conjunto de caixas de edição limitada intitulado Koukaku Kidoutai SOLID BOX em 1 de dezembro de 2000. A Kodansha mais tarde lançou a edição padrão em formato tankoubon em 26 de junho de 2001.A versão do SOLID BOX adicionou mais de 140 páginas de novo conteúdo e mais alterações foram adicionadas à versão tankoubon, como 24 páginas coloridas e grandes modificações em mais de 20 páginas. A série foi publicada em inglês como The Ghost in the Shell Volume 2: Interface Homem-Máquina por Dark Horse, inicialmente em 11 edições cômicas de janeiro 29 de dezembro de 2003 a 31 de dezembro de 2003 e posteriormente em um único volume em 12 de janeiro de 2005. A Kodansha Comics USA pegou a licença e a republicou em 10 de agosto de 2010.A editora japonesa Kodansha publicou uma versão bilíngue (em inglês e japonês) em março de 2011.