Em fevereiro de 1999, uma série de assassinatos colocou Shiki Ryougi e Mikiya Kokutou no limite. Esses crimes compartilham uma semelhança perturbadora com um conjunto semelhante de homicídios desde 1995, quando Shiki e Mikiya se conheceram, e despertam um desejo sombrio e assassino que permanece inativo na alma de Shiki desde então. assassinatos passados e suposta semelhança com o assassino, ela e Mikiya partiram para encontrar o verdadeiro agressor. No meio de suas investigações separadas, o Mikiya se preocupa cada vez mais com o bem-estar do Shiki e se apressa em encontrar o responsável para protegê-lo de seus próprios impulsos. Com a liderança que ele recebe de seu primo, o investigador policial Daisuke Akimi, Mikiya é levado para o ventre da cidade de Mifune, pois a salvação da alma de Shiki está em sua determinação de provar sua inocência de uma vez por todas.
Inclui um curta de claymation que foi exibido antes do filme nos cinemas.
Kalafina