Foi um experimento científico de sucesso que deu terrivelmente errado. Quando uma equipe de cientistas descobre o DNA do antigo Pokémon Mew, eles aproveitam o potencial dentro dele na tentativa de criar a melhor arma viva. Com técnicas avançadas de clonagem e recursos fornecidos a eles pelo líder do sindicato criminoso do Team Rocket, Giovanni, os cientistas conseguiram criar o poderoso Pokémon psíquico, Mewtwo. ser um experimento, mas também uma ferramenta para as relações sinistras de Giovanni. Libertando-se de seu controle, Mewtwo cria sua própria fortaleza na ilha e reconstrói a tecnologia de clonagem que lhe deu vida. Sob o disfarce de ser um mestre em treinar Pokémon, o Mewtwo atrai os melhores treinadores do mundo para sua base. Entre esses treinadores estão Ash Ketchum, seu leal Pokémon Pikachu, e seus amigos Brock e Misty. Unidos juntos, humanos e Pokémon, eles devem não apenas descobrir o segredo oculto dos planos de Mewtwo, mas enfrentar seu poder aterrorizante. Se eles falharem, a vingança de Mewtwo não só levará à tirania de todo o Pokemon, mas também à extinção da raça humana.
A origem do Mewtwo não foi originalmente incluída no lançamento do teatro, mas todos os lançamentos subsequentes o incluíram, portanto essa entrada o inclui também em seu tempo de execução.