Depois que o Líder X aparentemente é destruído para sempre no final de Gatchaman II, um fragmento dele que sobreviveu cresce e se transforma em Z. Com o chefe da família Egobossler, o Conde Egobossler (e seus dois subordinados Mechandol e Kempler), Z está inclinado a destruindo a Terra e a Equipe Science Ninja, mais uma vez. Na sequência da morte de Anderson, o Dr.Nambu se tornou o novo chefe da ISO, enquanto a equipe agora está confinada à Gallatown (também conhecida como "G-Town") debaixo d'água base. O engenheiro Kamo é apresentado e, após a destruição do Novo GodPhoenix, a equipe recebe o novo Gatchaspartan como seu mecha. O Gatchaspartan também possui um modo especial, chamado Hypershoot, que só pode ser utilizado por Ken (com sua nova espada "Gatchafencer"). À medida que a série avança, é aprendido que a exposição à radiação do uso constante do Hypershoot está lentamente matando Ken, e esse uso continuado significaria morte. Enquanto isso, Z planeja destruir a Terra com um asteróide antimatéria, codinome "Poison Apple".
Columbia Yurikago Kai, Isao Sasaki
Columbia Yurikago-kai
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