O Kannazuki no Miko começa na vila de Mahoroba, onde o tempo passa lentamente para o homem e a natureza. Dois estudantes da prestigiada Academia Ototachibana podem ser noite e dia. Himeko é tímido e pouco assertivo, enquanto Chikane é ousado e elegante. Apesar disso, eles se amam, e nada pode ficar entre eles, por mais que tentem. Nas duas garotas compartilharam aniversário, uma voz sinistra corrompe um de seus amigos para atacá-los, e exatamente quando parecia mais sombrio, o lunar e poderes de sacerdotisa solar que jazem adormecidos nas duas meninas despertam, dissipando o mal. Esse foi apenas o primeiro obstáculo, no entanto. Os dois agora devem afastar os incontáveis outros que ameaçariam seu bem-estar - até as pessoas mais próximas a eles!