Após a morte de seus pais, Yuuto Amakawa vive uma vida bastante comum na cidade. O único problema com o qual ele precisa se preocupar enquanto freqüenta a escola ao lado de Rinko, seu vizinho, é a alergia a gatos. Tudo isso muda no seu décimo sexto aniversário, quando um Ayakashi - uma criatura sobrenatural - o ataca pelos pecados de seus ancestrais. Felizmente, ele é salvo por Himari, uma misteriosa mulher-gato com uma espada, que explica que Yuuto é o descendente de uma família de caçadores de demônios, e ela está lá para protegê-lo agora que o charme que o mantinha escondido do sobrenatural forças do mundo perderam seu poder.Omamori Himari narra o relacionamento de Yuuto com as várias forças do mundo sobrenatural, bem como o número crescente de mulheres que aparecem à sua porta, cada uma com seus próprios desejos sombrios. O Yuuto poderá se ajustar ao seu novo ambiente "emocionante"? Ou será que o fantasma de seu passado (ancestral) o alcançará?
Omamori Himari retira dos cinco primeiros volumes de seu material de origem com algum desvio perceptível no conteúdo e na trama, levando a um final exclusivo de anime.