No ano de 2199, a Terra enfrenta sua maior crise. Devido a bombardeios implacáveis da raça alienígena conhecida como "Gamilas", o planeta não pode mais sustentar seus habitantes. Em exatamente um ano, a humanidade se tornará extinta. Em desespero, o povo da Terra estabelece a Força de Defesa da Terra, sua última defesa contra o império Gamilas, faminto por poder. No entanto, a humanidade encontra um vislumbre de esperança depois de receber uma mensagem do misterioso planeta Iscandar, que oferece a eles um dispositivo que restauraria a Terra à sua antiga glória. Com a salvação à vista, a Força de Defesa da Terra convoca a prolífica Space Battleship Yamato e monta rapidamente uma tripulação para fazer 168.000 anos-luz de caminhada até Iscandar e receber sua ajuda. Entre a tripulação são jovens oficiais Susumu Kodai e Daisuke líderes recém-promovidos, todos sob o comando do ilustre capitão Juuzou Okita. Forçado a aprender a lidar com a tecnologia inovadora dos navios enquanto lida com o ataque das frotas Gamilas, o elenco inexperiente de Uchuu Senkan Yamato 2199 deve convocar cada centímetro de sua determinação para sobreviver às muitas dificuldades a bordo do Yamato e concluir sua missão: salvar a humanidade antes que ela também Fonte: MyAnimeList
A série será vendida nos mesmos cinemas que exibem os filmes de Yamato nos mesmos dias, ou seja, um lançamento simultâneo. Os dois primeiros episódios da série de TV (que é igual à série OVA) foram exibidos no Family Gekijou. canal de satélite disponível nos dias 6 e 7 de abril de 2012. O restante dos episódios será exibido no MBS & TBS a partir de 7 de abril de 2013.