Inazuma Eleven Go: Chrono Stone acontece após o Torneio de Futebol Holy Road. O herói do momento, Tenma Matsukaze, viajou por todo o Japão para ensinar futebol às crianças.Ele volta à escola secundária Raimon após concluir sua missão, mas, para sua surpresa, não é mais o mesmo ensino médio Raimon Junior de que se lembra. O clube de futebol é inexistente, e os membros da equipe campeã do Torneio de Futebol Holy Road não se lembram de participar do torneio. Eles não se lembram de Tenma nem do jogo de futebol que amavam. Como Tenma está desconcertado com essa reviravolta, Alpha, líder dos agentes de rota e capitão da equipe Protocol Omega, aparece repentinamente diante dele. Alpha declara que ele e sua equipe são responsáveis por acabar com a paixão pelo futebol em Raimon, juntamente com as memórias dos membros do clube de futebol: e o próprio Tenma é o próximo.É quando um garoto estranho chamado Fei Rune aparece bem a tempo de salvá-lo. Quem é Fei, e por que Alpha deseja eliminar o futebol definitivamente? Tenma sabe que precisa fazer tudo ao seu alcance para sair vitorioso. É uma batalha que pode selar o destino do futebol para sempre.
A série ganhou o prêmio Animages Anime Grand Prix 2012.