A Academia Real de Machinart de Walpurgis foi fundada juntamente com o desenvolvimento de "Machinart", uma máquina mágica capaz de dar vida e inteligência a bonecas mecânicas posteriormente chamadas de "autômatos". Seu objetivo: treinar marionetistas qualificados para controlar os autômatos, à medida que militares de todo o mundo começaram a incorporar Machinart em seus exércitos.Depois de falhar miseravelmente nos exames de admissão da academia, Raishin Akabane e seu autômato humanóide Yaya devem derrotar um dos cem melhores estudantes para ganhar o direito de participar da Evening Party, uma luta pela supremacia entre marionetistas usando seus autômatos. A última posição recebe o título de "Sábio" e tem acesso às poderosas artes proibidas. Assim, Raishin desafia Charlotte Belew e seu autômato Sigmund a um duelo, mas antes mesmo de começarem, Sigmund é atacado por outros estudantes. Depois de salvar seus oponentes de seus assaltantes, o Raishin cancela o duelo, mas é forçado a procurar uma nova maneira de obter acesso ao Partido. Impulsionado pelas tragédias de seu passado, o Raishin luta ao lado do Yaya para subir ao topo e reivindicar o título de Wiseman.
Machine-Doll wa Kizutsukanai adapta os três primeiros volumes da série light novel de Reiji Kaitou com o mesmo título.