Yuuji Kazami é um estudante transferido que acaba de ser admitido na Academia Mihama. Ele quer viver uma vida normal no ensino médio, mas esse sonho pode não se realizar tão cedo, pois a Academia Mihama é exatamente o oposto. Consistindo apenas no diretor e em cinco outros estudantes, todos meninas, o Yuuji se familiariza com cada um deles, descobrindo mais sobre suas personalidades, pois a socialização é inevitável. Lentamente, ele começa a aprender sobre a verdade por trás do pequeno grupo de estudantes que ocupam a academia - cada um deles tem sua própria parcela de experiências traumáticas escondidas do mundo. A Academia Mihama funciona como um lar para essas meninas, elas são as " frutos "que caíram de suas árvores e começaram a se deteriorar. Cabe a Yuuji se tornar o catalisador para salvá-los de si mesmos, mas como ele pode salvar outro quando ele não pode nem mesmo se salvar?
Grisaia no Kajitsu é baseado em um romance visual do FrontWing. Algumas das atrizes de novelas visuais reprisam seus papéis no anime. O episódio 1 foi exibido em uma exibição no UDX Theatre, Tóquio em 28 de setembro de 2014. A transmissão regular começou em 5 de outubro de 2014.