Chika Homura inicia sua carreira no ensino médio com um objetivo: desenvolver uma persona "cute girl". Depois de deixar o time de voleibol, apesar de seu status de estrela, Chika decide se juntar às escolas subestimadas do Wind Instrument Club e tocar flauta, acreditando ser o instrumento mais delicado e feminino. Pela primeira vez em nove anos, o Chika se reúne com seu amigo de infância e o total contrário, Haruta Kamijou. Infelizmente para Chika, Haruta não se deixa enganar por seus esforços para se tornar mais agradável. Mas isso não detém o Chika, e ela desenvolve uma queda pelo instrutor da banda, Shinjirou Kusakabe - mas o mesmo acontece com o Haruta! No entanto, a vida escolar de Chika simplesmente não segue o planejado, à medida que os mistérios começam a aparecer ao redor dela e de seus amigos. Os membros do clube devem trabalhar juntos para resolver os mistérios que assolam a escola, enquanto tentam encontrar mais membros para competir em competições musicais.