No ano de 2027, o videogame Phantasy Star Online 2 está na moda na Academia de Seiga. Todo aluno está no modismo - exceto o Itsuki Tachibana, um aluno completo que não joga videogame. Devido à sua popularidade, o jogo está atualmente em revisão na Academia de Seiga para verificar se isso tem um impacto negativo nos alunos. Consequentemente, isso faz com que Itsuki chame a atenção de Rina Izumi, o presidente perfeccionista do conselho estudantil que pretende provar que o jogo não é o culpado. Para atingir seu objetivo, Rina recruta Itsuki como vice-presidente do conselho estudantil e o encarrega de aprender a jogar enquanto mantém suas notas altas. Agora obrigado a relatar suas descobertas diárias do jogo para Rina e analisar seus méritos, Itsuki carrega o destino de Phantasy Star Online 2 em suas mãos.
Phantasy Star Online 2 A Animação é o oitavo projeto da franquia, comemorando o décimo quinto aniversário da franquia de videogames Phantasy Star Online. A série de anime apresenta uma história completamente original e novos personagens.