No ano de 2025, os autômatos apelidados de Kikou aparecem repentinamente e atacam seres humanos, deixando muitas cidades completamente devastadas. A civilização humana é deixada em ruínas, mas os restos de um Kikou são encontrados no Japão. Uma instalação de pesquisa chamada Instituto Tokyo Kikou (Toukigen) é estabelecida para investigar o armamento Kikous. Seguindo o provérbio "use veneno para derrotar veneno", usar o Kikou para derrotar o Kikou parece ser a última esperança da humanidade. Nove anos depois, uma nova arma chamada Muttsu é criada a partir da pesquisa e está quase pronta para uso em combate ao vivo. Um menino, Rin Sagami, e uma menina, Yuzuru Midou, são escolhidos para passear no Muttsu. Eles têm a esperança do futuro da humanidade, mas encaram a missão com coragem. No entanto, o que espera os dois é um destino cruel (Fonte: MAL News).
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