Depois de se unir à resistência contra o bakufu, Gintoki e a gangue estão escondidos, junto com Katsura e seus rebeldes Joui. Os Yorozuya logo são abordados por Nobume Imai e dois membros do Kiheitai, que explicam que os piratas do Harusame se voltaram contra o capitão da 7ª Divisão Kamui e seu antigo aliado Takasugi. Os Kiheitai apresentam a Gintoki um emprego: encontre Takasugi, que está desaparecido desde que seu navio foi emboscado em uma operação de Harusame. Nobume também faz uma revelação impressionante sobre o Tendoushuu, uma organização secreta que puxa as cordas de numerosas facções, e seu líder Utsuro, a figura sombria com uma estranha semelhança com o ex-professor de Gintoki. partiu para Rakuyou, o planeta natal de Kagura, onde as várias facções se reuniram e as tensões estão se formando. Rancores de longa data, disputas políticas e o plano abrangente sinistro de Tendoushuus finalmente culminam em uma batalha maciça e decisiva em Rakuyou.