Summer Pockets é ambientado em uma ilha isolada, rural e pacífica no Mar Interior Seto chamada Torishirojima, que tem uma população de cerca de 2.000 pessoas. o protagonista, Hairi Takahara, cresceu em um ambiente urbano, mas depois de um incidente desagradável, ele usa a recente morte de sua avó como desculpa para vir para a ilha para cuidar de sua venda de propriedade. Uma vez lá, ele conhece quatro meninas, que são o foco da história: Shiroha Naruse, que esqueceu suas férias de verão; Ao Sorakado, que está perseguindo as lendas da ilha; Kamome Kushima, uma menina de classe alta à procura de um navio pirata; e Tsumugi Wenders, uma menina mais jovem tentando encontrar a si mesma.