Em Shinjuku, no lado leste, fica Kabukichou, uma cidade vibrante de caos que brilha com luzes de neon, mas também esconde uma escuridão invisível. Empregado em um hospital universitário no lado oeste, o John H. Watson está procurando alguém que possa ajudá-lo com um caso estranho. Sua pesquisa o leva ao Pipe Cat, um bar subterrâneo que serve como local de encontro e quadro de empregos para alguns dos melhores detetives de Shinjuku, o mais proeminente entre eles é o Sherlock Holmes.Em encontrar o bar e conhecer os peculiares investigadores, John descobre que eles estão perseguindo um caso envolvendo Jack, o Estripador, um infame serial killer. Devido a eventos subseqüentes, John acaba levando Sherlock à cena do crime de um assassinato supostamente realizado por Jack, o Estripador. Embora John esteja lá apenas para obter a ajuda de Sherlock em seu caso, ele testemunha que Sherlock descobre brilhantemente a verdade por trás da cena do crime. No entanto, ele começa a perceber que Sherlock não é apenas um detetive genial, mas também um personagem excêntrico. Como John continua a solicitar Sherlock para ajudá-lo em seu caso, ele se vê entrando em espiral no estilo de vida de detetive de resolver casos além da mente de civis comuns . Através deste trabalho, John começa a ver as verdadeiras cores da cidade caótica que é Kabukichou e começa a desvendar o mistério perturbador por trás de seu próprio caso.