Em 1941, um ano após a derrota de Sotetsu Genan, o capitão Seijuurou Kamiyama da Divisão Flor da Revista Imperial de Combate em Tóquio sai em uma missão secreta, com Sakura Amamiya assumindo temporariamente o comando. Após um incidente na Europa, Kamiyama leva uma jovem russa chamada Klara M. Ruzhkova e a deixa nos cuidados das Divisões Flor. No entanto, o capitão da Revue de Combate de Moscou, Valery Kaminski, é enviado a Tóquio para recuperar Klara e a Divisão Floral deve detê-lo.
Shin Sakura Taisen the Animation é uma sequência original do jogo Shin Sakura Taisen.
Teikoku Kagegi Dan: Hanagumi (帝国歌劇団・花組) (CV: Ayane Sakura, Saori Hayami, Ayaka Fukuhara, Hibiku Yamamura and Maaya Uchida)
Teikoku Kagegi Dan: Hanagumi (帝国歌劇団・花組) (CV: Nana Mizuki, Manami Numakura and Sumire Uesaka)