Os alunos da Academia Ninjutsu retornam das férias de verão para saber que, devido a um dos erros de Komatsuda, todos os deveres de verão foram confusos. Como resultado, Kisanta, que recebeu uma missão destinada ao sexto ano, desapareceu depois de tentar esgueirar-se para o castelo de Oomagatoki para roubar seus senhores fundoshi. Um grupo incluindo Shinbei e Kirimaru é enviado para resgatá-lo, mas como Oomagatoki está em guerra com o castelo Tasogaredoki, pode ser uma missão difícil. Ao mesmo tempo, a Academia Ninjutsu recebe um pedido de apoio de uma vila perturbada pela guerra, e Rantarou e os demais alunos e professores se dirigem para ajudar.
O filme é uma recontagem alternativa de conteúdo do mangá que já foi adaptado na temporada 16 do anime, com animação completamente nova, eventos em uma ordem diferente e adição de novo material.