Quando Gintoki apreende um pirata de filme em uma estréia, ele verifica as imagens das câmeras e se vê transportado para uma versão sombria pós-apocalíptica de Edo, onde uma epidemia misteriosa chamada "Peste Branca" devastou a população mundial. Afinal, afinal, o pirata do filme não era um pirata - era uma máquina do tempo andróide, e o Gintoki foi lançado dentro de cinco anos! Shinpachi e Kagura, suas coortes Yorozuya, tiveram uma briga e agora são vigilantes solos endurecidos pela batalha e ele desapareceu há anos, desaparecendo sem deixar vestígios depois de escrever uma mensagem estranha em seu diário. ele pela máquina do tempo andróide, Gintoki reúne aleatoriamente a equipe de Yorozuya para investigar a Peste Branca, e logo descobre que a chave para salvar o futuro está na escuridão de seu próprio passado. Determinado a enfrentar um poderoso inimigo, ele faz uma importante descoberta - com um bando de amigos e aliados ao seu lado, ele não precisa lutar sozinho.