Apesar da destruição do mundo natal da mecanização, Andrômeda, o império das máquinas ainda é varrido pela galáxia e a Terra se tornou um campo de batalha. Tendo retornado de sua jornada a bordo do trem Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino se une à resistência e luta com outros que mantiveram sua humanidade.Quando o 999 retorna à Terra, Tetsurou recebe uma enigmática mensagem gravada de seu ex-companheiro de viagem Maetel, dizendo-lhe para embarque no trem mais uma vez. Abrindo caminho para a estação de Megalópolis, ele entra no trem no momento em que parte. Desta vez, no entanto, Tetsurou se depara com vários mistérios: Maetel está longe de ser visto, um sinistro "Trem Fantasma" apareceu e o destino final do 999 é desconhecido. Em meio a tudo isso, Tetsurou se vê confrontado pelo misterioso cavaleiro preto Faust e logo descobre que a máquina impõe o segredo mais sombrio.
O filme ganhou o prêmio Animages Anime Grand Prix de 1981.
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