No inverno de 1995, Mikiya Kokutou passa uma jovem mulher durante um passeio noturno na neve. Vestido com um quimono branco impressionante e com um olhar enigmático, Shiki Ryougi 'sorri para Mikiya que olha de volta com curiosidade. No final da primavera, Mikiya percebe Shiki em sua cerimônia de entrada no ensino médio e eles se tornam conhecidos através de conversas na hora do almoço. Enquanto Shiki começa a se abrir para ele, Mikiya aprende sobre sua educação única. Enquanto isso, uma série de assassinatos sem precedentes ocorre em toda a cidade de Mifune. Aparentemente relacionados, esses assassinatos são particularmente brutais e justificam uma investigação policial em larga escala. Por causa de seus primos trabalharem como investigadores policiais, Mikiya recebe informações sobre a investigação. Preocupado com a segurança de Shiki, Mikiya decide monitorar suas ações, mas, ao fazer isso, ele se depara com uma descoberta verdadeiramente assustadora que muda sua vida para sempre.
Inclui um curta de claymation que foi exibido antes do filme nos cinemas.
Kalafina