É o 16º ano da era Meiji. Cinco anos se passaram desde que Kenshin Himura parou a revolta de Makoto Shishio. Embora as chamas de sua revolução iniciante tenham sido extintas, as cicatrizes deixadas em seu rastro ainda são sentidas em todo o Japão. Restos de seu grupo - embora dispersos - ainda existem. Alguns encontraram a paz enquanto outros continuam lutando. Depois que uma facção restante tentou reviver a revolução, a velha espada de Shishios caiu nas mãos de Ashitarou Hasegawa, um garoto órfão que nunca conheceu um lar. O conflito também deixa Aran Inoue, um garoto meio japonês, meio americano de 16 anos e uma garota mercenária chamada Asahi Kubota com um preço alto a pagar, sem ter para onde ir. Mas felizmente para esses indivíduos, o Kamiya dojo sempre foi um lugar para aceitar andarilhos sem se intrometer no passado. Os três desejam começar de novo, então quando dois membros do antigo clã Asahis aparecem exigindo seu retorno, Asahi se recusa e as coisas começam. ficar feio. No meio do caos, os membros do clã entregam um pacote contendo uma foto do proprietário do dojo Kaoru Kamiyas, presumivelmente falecido pai e sua localização - Hakodate, Hokkaido. Com apenas essas informações, os membros do Kamiya dojo embarcam em uma aventura pelo mar na esperança de encontrar notícias sobre o pai Kaorus e o motivo pelo qual ele está sendo alvejado.