No primeiro dia após as férias de verão, o estudante do ensino médio Aoba é atacado por um robô gigante que aparece do céu. Enquanto ele é perseguido pela cidade, seu colega de classe Hina aparece em um robô próprio. Ela o resgata e lhe diz enigmaticamente que "Dio está esperando por você", antes que ela desapareça. Isso inicia a nova vida de Aoba como piloto da Aliança do Tratado Livre contra a Grande República de Zogilia (Fonte: ANN)
Buddy Complex é baseado na série de anime original da Sunrises, com o mesmo título.