Andando de ônibus, um dia, Sakurakouji Sakura olha pela janela para ver pessoas sendo queimadas vivas com um fogo azul e um garoto da idade dela ileso e de pé sobre as pessoas. Ela volta ao local no dia seguinte e não há cadáveres ou evidências de qualquer tipo de assassinato, apenas um pequeno incêndio. Ela então vai para a aula e encontra um novo aluno transferido, Oogami Rei, que se parece exatamente com o garoto que ela viu antes e usa uma luva negra apenas na mão esquerda. Oogami é um Code Breaker, que "não existe". Ele é um assassino aparentemente de sangue frio que segue o princípio de "olho por olho", para "usar o mal contra o mal". Convencido de que matar não é certo, Sakurakouji 'tenta detê-lo e penetrar em seu coração gelado.
O Code:Breaker foi parcialmente publicado em inglês pela Del Rey Books, que publicou os dois primeiros volumes de 27 de julho de 2010 a 26 de outubro de 2010, antes de serem adquiridos pela Kodansha, e a licença foi retirada.