Black Jack Kuroi Ishi (Black Jack Dark Surgeon) foi publicado em 2005 e 2006. É um remake direto do mangá original de Black Jack, com as histórias originais de Tezuka 'reescritas e redesenhadas em um estilo de mangá mais moderno por Kenji Yamamoto. Foi publicada na Shounen Champion, a mesma revista que hospedava Black Jack Alive e Black Jack Neo. Tem três volumes (20 edições) e terminou a serialização em 9 de fevereiro de 2006.