Sob a cobertura da escuridão, um samurai mascarado mata seis homens em toda a metrópole do Japão: três em Tóquio, um em Osaka e o último em Quioto. Em sua investigação, a polícia descobre que cada homem era membro da gangue de ladrões Genjibotarua centrada no roubo de estátuas e artefatos budistas e que se chamam de servos de Minomoto no Yoshitune. Sem um motivo claro ou pistas sobre as identidades dos outros membros, o caso fica sem solução até que um templo de Kyoto chama o famoso Kogorou Mouri. Tendo recebido uma carta anônima contendo um enigma peculiar, os monges do templo pedem sua ajuda para resolvê-lo para recuperar sua estátua há muito perdida. Enquanto isso, Conan Edogawa e o detetive do ensino médio Heiji Hattori se unem para resolver o enigma críptico e encontrar o assassino, enquanto Hattori procura seu amor de infância. Com o conhecimento de Hattori de Kyoto, os dois vasculham as ruas e gradualmente descobrem a verdade, mas não antes que o assassino ataque novamente, matando outro membro do Genjibotaru e, após repetidas tentativas de matar Hattori, eventualmente sequestrando o amor de infância de Hattori. É somente trabalhando juntos para trazer pistas enterradas à luz que Conan e Hattori podem esperar acabar com o derramamento de sangue do samurai desonesto e salvar o amor de Hattori.