Strike Witches acontece em um mundo semelhante à Terra, mas onde a magia existe. As habilidades mágicas aparecem quase exclusivamente entre as mulheres jovens e geralmente desaparecem com a idade. No entanto, essas habilidades geralmente se limitam a criar um campo mágico protetor simples, ou mover objetos levemente à distância, ou para alguns, voar em uma vassoura. Então, nos séculos 16 e 17, a humanidade entrou em uma era de descobertas, destacada pela invenção britânica da bruxa britânica Jamie Watts do motor mágico, um dispositivo mecânico a vapor que poderia aumentar várias vezes os poderes mágicos naturais da bruxa, o que poderia em seguida, ser usado para conduzir todos os tipos de máquinas. O mecanismo mágico logo foi usado em todas as formas de indústria e transporte, aumentando a produção para níveis anteriormente considerados impossíveis. No entanto, juntamente com esse enorme aumento no uso de magia, avistamentos de Neuroi, formas de vida enigmáticas que foram vistas em ocasiões escassas por séculos, também começou a aumentar exponencialmente. Aparecendo em países de todo o mundo, os Neuroi espalharam um miasma nocivo, apodrecendo a terra e consumindo todos os tipos de metais, e começaram a invadir o território humano. Os soldados normais não podiam fazer nada contra esse miasma, e a humanidade estava em suas últimas pernas, sem escolha a não ser recuar uma e outra vez. Foi então que se descobriu que o campo protetor das bruxas poderia bloquear o miasma e, com o poder de um mecanismo mágico, as bruxas se juntaram ao campo de batalha. Com a capacidade de manejar facilmente armas que normalmente seriam muito pesadas, imbuir seus ataques com magia, voar livremente pelo ar e bloquear ataques inimigos com campos mágicos, as bruxas começaram a virar a maré contra a invasão Neuroi. Essas bruxas, juntamente com as unidades atacantes que usavam, eram conhecidas como "bruxas de ataque". Em 1939, quando o continente europeu enfrentou a crise de uma invasão neuroi de escala sem precedentes, foram enviadas bruxas do exército imperial e da marinha do distante Império Fuso. para o campo de batalha como soldados voluntários. Uma dessas bruxas do exército imperial, Anabuki Tomoko, um ás e herói para o povo após seu destacado serviço durante o ataque a Neuroi conhecido como "Incidente no Mar Fuso", esperava ser enviada para Karlsland, onde os combates mais pesados estavam ocorrendo. No entanto, ela foi enviada para o extremo norte da Europa, Suomus. Lá, ela conhece o restante de seus futuros companheiros de esquadrão, nenhum dos quais jamais se destacara em seus países anteriores, sendo tratados quase como párias, bruxas meio cozidas, sem nenhum talento ou motivação. Agora cabe ao "Esquadrão dos Desajustados", ou oficialmente o "Esquadrão Aéreo Voluntário Independente Suomus", para descobrir como eles podem enfrentar a ameaça Neuroi. (Fonte: Baka-Tsuki)