Na superfície, o SEES o Esquadrão de Execução Especializada Extracurricular é um clube completamente normal na Gekkoukan High School. na realidade, eles são um grupo de estudantes que investigam um fenômeno conhecido como a "Hora Negra" e eliminam seres conhecidos como "Sombras". ." Somente indivíduos selecionados com "potencial" podem lembrar da ocorrência da Hora Negra, enquanto outros "transmografarão" em caixões e se tornarão suscetíveis à Síndrome da Apatiauma condição que coloca suas vítimas em um estado de transe e faz com que elas percam sua vontade de viver.O estudante de transferência Minato Arisato é um desses indivíduos que pode lembrar dos eventos que ocorrem durante a Hora Negra, mesmo que ele não esteja ci. No momento em que ele chega à escola, ele encontra uma pessoa misteriosa que pede para ele assinar um contrato dizendo que ele vai assumir a responsabilidade por suas próprias ações. Depois, ele é confrontado pelos membros da SEES, que o colocam sob vigilância secreta porque acreditam que ele possui um potencial muito maior do que qualquer um dos outros membros. Uma noite, Minato é acordado abruptamente por Yukari Takeba quando uma Sombra vem atacar seu dormitório durante a Hora Negra. Sentindo-se obrigado a lutar contra a Sombra, ele pega a arma de Yukari mas, em vez de atirar na Sombra, ele a vira contra si mesmo, despertando sua "Persona". Equipado com seus novos poderes, Minato se junta ao SEES para descobrir o mistério por trás do fenômeno misterioso.
Persona 3 é inspirado no jogo para PS2 da Atlus com o mesmo título. A série foi publicada em inglês pela Udon Entertainment desde 4 de outubro de 2016. Também foi publicada em espanhol pela ECC Ediciones desde 26 de junho de 2019.