Na cidade de Lohta, é lançado um festival elogiando "Aaron, o Herói Líder das Ondas", que, segundo a lenda passada pelas gerações das cidades, interrompeu uma guerra séculos atrás, usando o poder da "Árvore da Origem dos Mundos". Satoshi e Pikachu participam de uma batalha para decidir o herói deste ano e, após sua vitória, são escolhidos como o "Herói líder das ondas". Uma grande festa de dança é realizada no castelo para comemorar o vencedor, mas de repente o phantom Pokemon Mew aparece e leva Pikachu. Logo depois, o pokémon líder da onda, "Lucario", é libertado de seu selo de séculos e encontra Satoshi. Satoshi deve resolver os vários mistérios de onde está Pikachu , o que é depois Mew, qual é o segredo da lenda do Wave Leader e como ele se relaciona com o passado oculto de Lucario, enquanto ele caminha para "a Árvore da Origem do Mundo" com Lucario. (Fonte: ANN)
O Gekijouban Pocket Monster AG: Mew to Hadou no Yuusha Lucario foi publicado em inglês como Pokémon: Lucario and the Mystery of Mew pela Chuang Yi Publishing em março de 2006.