A configuração de Fate/Apocrypha é um mundo paralelo a Fate/stay night, onde o Grande Graal foi removido de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal e desapareceu por muitos anos. Por volta dos anos 2000, na mesma época em que a Quinta Guerra do Santo Graal teria acontecido, o grupo que saqueou o Graal, Yggdmillennia, declara abertamente sua secessão da Associação de Magos e que estão na posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, mas todos, exceto um, são instantaneamente abatidos por Lancer of Black. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de catorze Servos no total. .Isso marca o início da Grande Guerra do Santo Graal em Trifas, com duas facções diferentes, a Fação Negra, cujos membros fazem parte de Yggdramillennia, e a Fação Vermelha, cujos membros foram enviados pela Associação de Magos, com exceção de um da Igreja. O próprio Graal também convoca o Governante para atuar como mediador da Guerra do Santo Graal.