A porta para Kingdom Hearts foi selada, dando um golpe aos sem coração e restaurando os mundos ao normal, mas Riku e o Rei Mickey estavam presos lá dentro! Agora a busca de Sora, Donald e Goofy por seus amigos os leva ao misterioso Castelo Oblivion, onde uma figura encapuzada lhes diz: "A frente está algo que você precisa, mas para reivindicá-lo, você deve perder algo caro. O que poderia ser mais caro do que as próprias memórias deles? E o que os membros sombrios da Organização XIII querem com eles? (Fonte: Tokyopop)
Kingdom Hearts: Chain of Memories é baseado no jogo de vídeo Game Boy Advance da Square Enix com o mesmo título. A série foi publicada pela primeira vez em inglês pela Tokyopop de 10 de outubro de 2006 a 13 de fevereiro de 2007. Yen Press re-publicou a série em um ônibus em 25 de junho de 2013.