Como conclusão de seu trabalho serializado "Ressonância", mangaka Chikara Nagai planeja matar Lin, um dos personagens mais importantes, em uma reviravolta inesperada, de acordo com a visão popular. Após uma sessão de feedback principalmente negativo de seu editor, Nagai enfrenta mais uma noite sem dormir desenhando os últimos painéis de seu mangá.Em sonolência, ele descobriu um furioso Lin escapando depois de roubar o mangá onde ele morre. Antes que Nagai possa processar qualquer coisa, ele é sugado para o mundo de sua própria criação e se vê em meio a uma cena de luta entre a heroína Satoko Miura e o vilão "The Masque". Incapaz de distinguir entre sonho e realidade, Nagai trabalha com Satoko para procurar um final alternativo para o mangá, para que ele possa encontrar uma saída e retornar ao mundo real.
Opus foi o último mangá de Satoshi Kon antes de estrear na indústria de anime através do Perfect Blue. O mangá havia sido retirado devido ao cancelamento de sua revista. Um capítulo final ausente para Opus foi encontrado após a morte de Kon.