Após o treinamento no exterior, Link está navegando de volta para Hyrule, mas é afundado em uma violenta tempestade. Ele acorda na ilha Koholint, e é levado para a casa de um homem gentil chamado Tarin, e sua filha Marin (que tem uma forte semelhança com a princesa Zelda). Uma coruja misteriosa diz a Link que para voltar para casa, ele deve acordar o Peixe do Vento, reunindo e tocando os oito Instrumentos das Sirenes. Os chefes do Despertar de Link, que guardam os Instrumentos Sirenas, são os pesadelos do Peixe do Vento. Quando Link toca a Balada do Peixe do Vento com todos os oito Instrumentos, ele pode entrar no ovo gigante no topo das Montanhas Tal Tal, onde o Peixe do Vento dorme. Lá ele deve enfrentar o último pesadelo, aparições sombrias que incluem visões de inimigos do passado de Link.