A história de H₂Os gira em torno de Takuma Hirose, um jovem cego do sexo masculino, embora a causa de sua cegueira seja indeterminada. Depois que sua mãe morreu, ele deixou uma profunda cicatriz emocional nele, o que o fez ficar muito solitário e reservado. Devido a isso, Takuma e seu pai se mudam da cidade para uma área rural e Takuma está matriculado em uma nova escola secundária. Em sua nova escola, ele conhece várias garotas novas, embora três delas ele conheça melhor de qualquer outra pessoa. São eles, o firme e obstinado Hayami Kohinata, o gentil e exigente Hinata Kagura, e o alegre e misterioso Otoha.