O fanático por quebra-cabeças Daimon Kaito ficou louco por resolver quebra-cabeças, quebra-cabeças e enigmas por toda a sua vida. Ele frequenta a prestigiosa Root Academy com Nonoha, mas passa a maior parte do tempo criando e resolvendo quebra-cabeças. Kaito é um dos poucos gênios adolescentes que frequentam a escola que recebeu o título de Einstein, juntamente com outros colegas brilhantes que receberam os títulos Galileu, Edison e Da Vinci. Juntos, eles tentam resolver um quebra-cabeça que, desde sua criação, séculos atrás, nunca foi resolvido. Mas os estudantes geniais logo percebem que existem forças perigosas por trás do quebra-cabeça impossível. (Fonte: MangaHelpers)
Phi Brain: Kami no Puzzle é baseado na série de anime original da Sunrises, com o mesmo título.