A história começa em um futuro próximo, quando os oceanos da Terra subiram e inundaram a maior parte da terra marinha na Terra. O cientista desonesto Zorndyke causou a inundação, que matou incontáveis indivíduos, e a maioria das cidades restantes da humanidade foi atacada ou destruída pelo exército de Zorndykes de "híbridos" de meio animal. Os humanos restantes começam a guerra contra as criações marítimas de Zorndykes para uma sobrevivência simples. A melhor esperança da humanidade para a resolução do conflito reside em suas forças submarinas, entre as quais o foco da história, Submarino Azul nº 6. É revelado que Zorndyke está tentando terminar decisivamente o conflito em favor de seus filhos híbridos, induzindo artificialmente um interruptor polar usando energia geotérmica no Polo Sul.