Um jovem chamado Shin vive com seu irmão mais velho Shun em um lugar subterrâneo chamado Agartha. Um dia, seu irmão partiu para a superfície com um cristal e Shin tem que segui-lo e trazê-lo de volta a Agartha. Durante sua jornada, ele encontrará Asuna, uma jovem garota que vive sem o pai e Morisaki, um homem que perdeu a esposa.