A série se passa muitos anos após uma guerra devastadora, que matou 80% da população da Terra. A Terra está sendo observada por um grupo de seres conhecido como The Third de uma cidade chamada Hyperius. Eles têm o nome de um olho vermelho em forma de joia na testa (Space Eye), que serve como uma porta para acesso a dados e outros tipos de comunicação. Esses seres estão comprometidos em proteger os humanos contra danos. Uma das principais maneiras de proteger os humanos é controlar a quantidade de "technos" ou tecnologia a que os humanos têm acesso, conhecido como "tabu dos technos". Humanos encontrados usando technos proibidos podem ser mortos pelo melhor "autoenforcer" de The Third, um robô de inteligência artificial chamado Bluebreaker. Ele segue as aventuras de Honoka, uma garota de 17 anos que é humana, mas também nasceu com um terceiro olho azul. The Third descobriu que ela não podia interagir com o resto de The Third , declarando-a uma mutação e deixando-a com pais humanos. Seu olho azul permite ver Chi e usá-lo para encontrar inimigos encobertos e sentir as emoções de todos os seres vivos. Honoka é um homem de negócios que viaja por toda a terra árida com a ajuda de um tanque de areia operado por Bogie, um guardião da IA dado a ela por seu avô. Ela ganha a vida fazendo vários trabalhos com o tanque, livrando áreas de aranhas e formigas grandes e escoltando ou transportando clientes. Uma noite, enquanto viaja pelo deserto, ela encontra um homem estranho chamado Iks. Ele chegou ao planeta com um objetivo que não está claro até o último episódio. The Third também está nervoso com sua chegada e teme que ele tente ferir os humanos. Para entender o mundo, mais Iks contrata com Honoka para acompanhá-la durante a maior parte de suas viagens. Durante a viagem ou à noite, ela recita poemas de uma escritora chamada "Dona Myfree" (ortografia exata desconhecida no momento).
The Third teve dois volumes publicados em inglês pela Tokyopop, de 11 de março a 8 de julho de 2008, antes de a editora se tornar extinta.