A história começa em um futuro distante nos confins da galáxia. A Aliança Galáctica Humana luta constantemente por sua sobrevivência contra uma raça grotesca de seres chamados "Hidiaazu". Durante uma intensa batalha, o jovem tenente Redo e sua arma móvel humanóide Chamber são engolidos em uma distorção do tempo e do espaço. Acordando de sua hibernação induzida artificialmente, Redo percebe que chegou à Terra, o planeta na fronteira perdida. Neste planeta que foi completamente inundado pelos mares, as pessoas vivem em frotas de navios gigantes, resgatando relíquias das profundezas do mar para sobreviver. Redo chega em uma das frotas chamadas Gargantia. Sem conhecimento da história ou cultura dos planetas, ele é forçado a viver ao lado de Amy, uma menina de 15 anos que serve como mensageira a bordo da frota Gargantia. Para Redo, que viveu uma vida em que não sabe nada além de lutar, esses dias de paz continuam a surpreendê-lo (Fonte: ANN).