No início do século XVII, no final da era das guerras civis, em um mundo de caos, a épica Batalha de Sekigahara foi disputada. Um homem emergiu da maior batalha já travada em solo japonês; um guerreiro terrível de poder indescritível, ele foi apelidado de 'o invencível'.Kyoshiro é um vendedor de remédios pacífico que abriga a alma de um assassino. Ele acompanha um jovem caçador de recompensas através do Japão em busca de um assassino e em uma busca para descobrir o terrível segredo de sua própria identidade. . (Fonte: Tokyopop)
Tokyopop publicou os primeiros 34 volumes de Samurai Deeper Kyou em inglês de 10 de junho de 2003 a 7 de abril de 2009. Os volumes restantes foram publicados em dois em um ônibus pela Del Rey de 15 de dezembro de 2009 a 22 de junho de 2010.