Eiji Shinjo, o principal protagonista da série, fez sua primeira aparição em Battle Arena Toshinden como um personagem inicialmente jogável e, a partir de então, apareceu em todos os jogos posteriores, incluindo os spin-offs lançados apenas no Japão. Ele também faz uma aparição em outro jogo de luta publicado por Takara, D-Xhird, como um personagem oculto e jogável. Eiji é um aventureiro treinado em luta com espadas, junto com seu amigo Kayin Amoh, por seu irmão mais velho, Sho. No entanto, Sho de repente abandonou o casal inesperadamente um dia e, desde então, Eiji está determinado a encontrar seu irmão mais velho. Eiji havia participado dos dois primeiros torneios de Toshinden na esperança de encontrar seu irmão perdido. No primeiro torneio, Eiji encontrou seu irmão e foi derrotado por ele facilmente. No segundo torneio, ele o encontra novamente, mas desta vez ... Sho mal o derrota. Apesar dessas duas derrotas, ele conseguiu ajudar a destruir a Sociedade Secreta no segundo jogo. Eiji então soube que estava sendo alvo da Organização e entrou no terceiro torneio organizado por ela. Com a ajuda dos combatentes do seu lado, ele conseguiu destruir a Organização e seu líder Abel. Logo depois, Sho finalmente enfrentou Eiji mais uma vez em uma batalha decisiva e, no final da partida, Sho havia deixado seu filho Subaru sob seus cuidados e está implícito que Eiji venceu dessa vez. No entanto, antes que Eiji tivesse a chance de se reunir totalmente com seu irmão, Sho desapareceu imediatamente depois mais uma vez e Sho não foi ouvido desde então. Nos anos seguintes, Eiji treinou Subaru em luta com espadas e acabou passando sua katana para ele. Eiji foi então oferecido para se tornar o líder de uma Sociedade Secreta recentemente reformada. Ele aceitou, esperando transformar o poder das organizações corrompidas há muito tempo. Com a ajuda dos humanos alterados presos Eos e Zero, Eiji havia hospedado e participado do quarto torneio para reunir as Quatro Armas Sagradas; armas místicas poderosas baseadas nos Quatro Símbolos das constelações chinesas. Durante o torneio, Eiji teve a chance de lutar contra seu sobrinho Subaru, na esperança de ver como sua capacidade de luta progrediu a partir do próprio tempo. Embora Eiji estivesse feliz em saber que a habilidade de luta de Subarus era quase idêntica a ele e a Shos, ele não podia se dar ao luxo de perder o foco em sua tarefa real, que era confrontar seu inimigo de longa data Vermilion e lutar contra ele pela posse dos Quatro Sagrados. Braços. O resultado dessa luta continua sendo um mistério, mas é provável que Eiji tenha matado Vermilion e salvado o mundo da destruição total.