Shiki é o personagem principal da série Tsukihime. Ele é um tipo, honesto, se não um pouco brincalhão, estudante do ensino médio. Ele é anêmico e propenso a desmaiar, mas tenta ao máximo levar uma vida normal. Ele tem a percepção mística dos olhos da morte (Chokushi no Magan), permitindo que ele veja as "linhas" e "pontos" que lhe permitem matar todas as coisas usando as técnicas de assassinato altamente eficazes escondidas em seu subconsciente. Apesar de estar constantemente cercado pela morte, ele aprecia mais a vida do que a maioria das pessoas e nunca tiraria uma vida humana. Ele adquiriu a percepção dos olhos místicos da morte durante a infância, enquanto estava no hospital, depois de se recuperar de um incidente de quase morte. Ele foge de seu quarto para fugir para campos próximos, e é lá que ele conhece o Magus Aozaki Aoko, a quem Shiki agora se refere como Sensei. Ele finalmente recebeu seus óculos de assinatura para selar o poder em seus olhos como um presente de despedida, junto com lições de vida inesquecíveis. Depois de deixar o hospital, ele morou com a família Arima por 8 anos, antes de ser chamado de volta à mansão Toono por sua irmã Akiha; depois que seu pai faleceu e ela se tornou chefe da família Toono. No dia em que ele retornaria à Mansão, ao sair da escola mais cedo, ele notou, perseguiu e "matou" o Vampiro Arcueid Brunestud em um acesso de insanidade. Ele desmaia por causa do choque e acorda na mansão Toono mais tarde naquela noite, com nada fora do comum. Ele passa o incidente como um sonho, isto é, até ser recebido casualmente pelo Arcueid, supostamente morto, a caminho da escola no dia seguinte. É então que sua vida começa a mudar os acontecimentos mais uma vez.
Ele tinha "SHIKI" anunciado morto (como a criança Nanaya adotada), mas na verdade secretamente confinado, e Shiki enviado para viver com o Arima (como Toono Shiki), porque ele agora era "incapaz fisicamente" para se tornar o próximo chefe da casa Toono; um encobrimento perfeito. Enquanto o sangue Nanaya de Shiki está ativo ("modo Nanaya"), ele recebe fortes desejos de "Matar", que podem se manifestar não apenas em assassinato, mas também em desejo sexual e destruição.
Nas rotas alternativas do Visual Novel: "Far-side" rotas Shiki não encontra Arcueid, e a história aprofunda ainda mais as conspirações e mistérios que cercam os atuais residentes da Mansão Toono; Akiha, Hisui e Kohaku. bem como Shiki e "SHIKI".
Ele também redescobre as técnicas e sentidos ocultos que ele tinha afiado quando criança. Geralmente é desencadeado por encontros com o sobrenatural, ou quando ele está em um aperto. Com o tempo, ele lentamente começa a se acostumar com isso, e não se perde tanto mentalmente. Ele fica com dores de cabeça quando usa seus olhos místicos de percepção da morte excessivamente, pois eles colocam uma tensão em seu cérebro. Se ele continua se empurrando, ele pode danificar permanentemente seu cérebro, e foi notificado sobre isso em muitas ocasiões.
Ele é conhecido como Nanaya Shiki, e é o último do clã Nanaya de caçadores sobrenaturais / demônios. Ele foi adotado por Toono Makihisa (pai de Akiha), depois que ele liderou o massacre dos Nanaya, devido ao seu primeiro nome ser semelhante ao de seu próprio filho; "SHIKI".
Após o incidente de quase morte envolvendo Shiki e "SHIKI" no pátio, Toono Makihisa adulterou as memórias de Shiki para fazê-lo esquecer a Nanaya e a existência de "SHIKI", na esperança de mantê-lo a imagem de seu filho "Toono Shiki"; para manter as aparências.
Ele é conhecido como Nanaya Shiki, e é o último do clã Nanaya de caçadores sobrenaturais / demônios. Ele foi adotado por Toono Makihisa (pai de Akiha)