Minashiro Soushi é basicamente a única criança na ilha de Tatsumiya que sabe a verdade - o mundo está sendo invadido por uma raça alienígena chamada Festum nas últimas três décadas e o Japão foi destruído há 28 anos. Ele é filho de Minashiro Kouzou, o comandante da fortaleza militar secreta Alvis, que está escondida nas entranhas da pacata ilha de Tatsumiya. Desde tenra idade, Soushi foi criado para se tornar o próximo comandante de Alvis, então ele teve uma infância muito isolada, carregando o pesado segredo da guerra e sendo informado dia após dia que ele deveria viver apenas para proteger a ilha. Embora ele fosse muito amigo de Kazuki quando criança, devido a um incidente em que Kazuki acabou cegando Soushis olho esquerdo, eles se afastaram, mas se viram novamente agarrados um ao outro por apoio quando o Festum ataca Tatsumiya e é até os dois para defendê-lo. Por causa de sua visão incompleta, Soushi não pode pilotar um Fafner e lutar contra o Festum corpo a corpo. Em vez disso, ele atua como o comandante de batalha que se conecta diretamente à mente de todos os pilotos de Fafner através de um super computador chamado Sistema Siegfried, e os dirige em batalha. Todos os pilotos, especialmente Kazuki, seguram-no por força e liderança - um fardo que ele carrega com graça e estoicismo. Por causa de seus anos de isolamento virtual, ele é socialmente desajeitado (na verdade, a maioria das pessoas o considera bastante inacessível ou, por engano, pensa que ele tem um coração duro). Kazuki sozinho parece fazer esforços para entender e fazer amizade com ele e os dois se tornam muito próximos ao longo da série. Soushi também tem uma irmãzinha chamada Tsubaki, que é o núcleo das ilhas e alimenta todos os sistemas de computadores.