Lacus Clyne é um ídolo pop entre as PLANTs, isso se deve ao pai dela, Siegel Clyne, presidente do Conselho Supremo da PLANT, e ao fato de sua bela voz ser tão grandiosa (muitos suspeitam que isso se deva em parte ao fato de ela ser um coordenador). Perto do início da série, ela ficou noiva de Athrun Zala através de um casamento arranjado. Embora (reportando ao CD do drama) os dois estivessem apaixonados quando se conheceram, seus sentimentos diminuíram com o passar do tempo e o noivado se tornou mais político do que nunca. A princesa de cabelo rosa entra na série quando viaja em um navio civil para uma cerimônia memorial em Junius Seven. O navio é confundido com um avião militar da ZAFT e é atacado pela Aliança da Terra. Lacus é escoltado para um lifepod e escapa com segurança. Pouco tempo depois, o casulo de fuga Lacus é descoberto por Kira no Strike. Ele traz a cápsula de volta ao Arcanjo. As portas para a cápsula da vida se abrem e saem de uma pequena bola robótica rosa. A seguir, é a própria Lacus Clyne, um pouco consternada por ter sido salva pelas forças da Terra. Apesar de ser inimiga, a garota é alegre e gentil com todos no navio, enquanto eles a mantêm refém. As forças da ZAFT descobrem o Arcanjo e uma batalha começa. Antes que a Aliança da Terra possa sofrer mais perdas, Natarle Badgiruel abre um canal para o inimigo. É então revelado à ZAFT que Lacus Clyne, o famoso ídolo, está a bordo do Arcanjo. Kira está perturbada e, devido às palavras abusivas de Flays, chega bem perto de um colapso emocional; no entanto, Lacus tenta confortá-lo. O casal descobre que ambos conhecem Athrun Zala em um nível pessoal, e mesmo que Athrun criou Lacus Haro / Pink-chan (sua bola robótica rosa) e Kiras Torii (seu robô de pássaro voador). Kira decide retornar Lacus para onde ela pertence com Athrun. Mesmo antes de conhecer Kira, Lacus teve uma influência indireta na guerra. Ela espalhou sua opinião por toda a PLANT cantando uma canção de paz, suas letras cheias da esperança de harmonia entre as nações. Depois de encontrar o Arcanjo, ela expressa uma necessidade maior de alcançar a paz ajudando Kira muitas vezes, fazendo com que Athrun questione seu propósito de participar da guerra e muito mais.
Com o tempo, ela acaba se apaixonando por Kira (que é vista muito mais claramente em Gundam Seed Destiny), e a Athrun & seu engajamento é terminada sem brigas.