Shinomori Aoshi foi criado como ninja dos Oniwabanshū, que trabalhou para o governo Shogunate durante o período Edo. Ele ajudou a criar Makimachi Misao desde a infância como membro do Oniwabanshū. Após a revolução, já que alguns membros dos Oniwabanshū não conseguiram se adaptar à vida na era Meiji, Aoshi e esses membros trabalharam para o empresário corrupto e sedento de poder, Takeda Kanryū. Os subordinados de Aoshis incluíam Beshimi, especialista em dardos e veneno; Hyotoko, cujo nome significa literalmente "Homem do Fogo" e usa dentes de sílex e aço para respirar fogo; Hannya, um talentoso artista marcial, hábil praticante de ninjutsu e estudante de Aoshis; e Shikijou, um "homem musculoso". O próprio Aoshi continua sendo um enigma. Ele raramente (se alguma vez) mostra emoções dentro ou fora de uma batalha. Sua arma no início da série envolvia apenas um kodachi (em combinação com artes marciais). No entanto, depois de sua derrota nas mãos de Himura Kenshins na mansão Kanryus, ele se dedicou totalmente à vingança pelo bem de seus camaradas caídos. Quando Aoshi aparece a seguir, ele usa o kodachi duplo e parece ter desconsiderado completamente suas emoções para matar Himura. Eles lutam na mansão Shishio Makotos, a fim de acertar a pontuação e, após as batalhas, Aoshi percebe onde ele errou e se torna um aliado.