Órfã desde tenra idade, Naoto foi encontrada sofrendo de amnésia após o assassinato extremamente violento de seus pais, o que também resultou em uma cicatriz icônica em forma de X no meio do peito. Ela foi acolhida, criada e treinada por um espadachim que acreditava ser o assassino de seus pais. Ele a nomeou Naoto em homenagem a outra pessoa em seu próprio passado, mas nunca revelou seu próprio nome para ela. Após o assassinato subsequente, ela descobriu que seus pais foram mortos por um assassino que recebeu seu nome; o Naoto original. Após sua morte, ela descobriu o nome de seu mentor, Fuyumine, e o adotou como nome de família. Parece que depois dos anos que passou com Fuyumine, ela desenvolveu um pouco de afeto por ele e até se refere a ele como "pai" após o assassinato. Desde então, Naoto fez amizade com Nill e segue Haine na tentativa de descobrir mais sobre a história de Fuyumines, a primeira Naoto, e para se vingar. Ela luta com a katana que herdou de Fuyumine. Fora do grupo principal de si mesma, Badō e Haine, ela parece ser a mais gentil e menos disposta a matar. Ela não parece se dar muito bem com Haine e passa a maior parte do tempo longe das brigas encarando-se maliciosamente. Provavelmente, isso se deve ao fato de Haine empregar táticas extremamente brutais e cruéis durante as lutas. Muitas vezes, Badō precisa aliviar a tensão entre os dois. No entanto, durante confrontos com inimigos, ela e Haine demonstram ser letalmente eficazes ao trabalharem juntos.