Kotaro é um jovem órfão, visto na cena inicial sendo instruído pelo padre Shouan a fugir do mosteiro. Ele se vê sendo perseguido por assassinos enviados pela dinastia Ming, bem como pelos soldados de Akaike. Sem saber por que ele está sendo perseguido, quando encontra Nanashi, ele busca proteção contra ele. Seu único companheiro de viagem até conhecer Nanashi é seu cachorro, Tobimaru.