Proto é o único membro bioróide da Seção 9 (protótipo) e também foi o técnico de manutenção do Tachikomas (antes de se tornar um dos novos recrutas). Durante a crise de Dejima, Proto desempenhou um papel fundamental ao ajudar Aramaki a resgatar o primeiro-ministro Yoko Kayabuki, que havia sido dispensado de seu dever e preso sob acusação de traição. Proto conseguiu obter acesso à rede, onde se comunicou com as unidades da Seção 9s de Tachikoma. Por meio deles, Proto conseguiu obter projetos de construção e informações atualizadas sobre a operação da Seção 9s Dejima, bem como a localização do Primeiro Ministro, antes que uma barreira de ataque o desabilitasse. Proto aparece novamente no Ghost in the Shell S.A.C. Filme da Solid State Society, onde ele fica perto de Aramaki, trabalhando em tarefas de secretariado.