Ele é o primeiro humano a nascer e criar em Ismo. Enquanto morava na vila, ele foi o principal causador de problemas do grupo. Ele era respeitado entre seus pares como líder e não trazia fim às travessuras (por boas ou más intenções). Depois que ele encontra Susanoo e usa os poderes destrutivos do mech para derrotar seus inimigos que atacam a vila, os aldeões banem o mech e o culpam por seu infortúnio. Yamato não pode lidar com a natureza supersticiosa dos moradores e optou por sair com seu melhor amigo para ver o mundo. Não era sua jornada que lhe permitiria conhecer Oto e novos amigos e inimigos. Depois de derrotar Orochi, ele deixa Susanoo onde ele descansou nas cavernas e o visita para conversar. Como não há epilougue, é assumido que Yamato ainda causará alguns problemas na vila como costumava. O inferno também provavelmente termina com Oto e começa uma vida juntos na vila. Em After War, Yamato é chamado novamente para pilotar Susanoo quando um pedaço da Carruagem do Céu Escuro cai perto da vila e Shuranoo se revela. Mas quando Yamato se recusa a lutar contra Shuranoo, que é possuído por Mikazuchi, Shuranoo corta sem piedade o Susanoo e o envia para o lago onde é resgatado e curado pelo Portador do Dragão. O Susanoo renovado voa para encontrar Oto que havia sido sequestrado por Shuranoo. No final, Yamato iria se sacrificar e Oto (de bom grado) para derrotar Tsukiyomi voando ao sol. Antes de chegarem ao ponto de fusão, Mikazuchi aparece e diz a eles que pilotaria Susanoo e que Yamato e Oto deveriam viver suas vidas. Lágrimas caem dos olhos de Yamatos quando Susanoo olha para ele mais uma vez antes de voar para o sol, destruindo a si mesmo e a Tsukiyomi.