Jean Louis Bonaparte, conhecido como Napoleão na versão original em japonês, é um personagem recorrente. Seu personagem é baseado em Napoleão I. Na versão em inglês, Bonaparte é dublado por Mike Pollock, enquanto Naoki Tatsuta assume o papel na versão japonesa. Vice-chanceler da Duel Academy, começando com a segunda temporada, Bonaparte é um homem robusto vindo de Paris, França, que originalmente tentou demolir o dormitório Slifer Red em todas as oportunidades, mas foi repelido por Crowler. Mais tarde, ele duelou ao lado de Crowler contra Maximillion Pegasus por um emprego na Industrial Illusions, depois que eles acreditaram falsamente que haviam sido demitidos pelo chanceler Sheppard. Após a chegada do Duel Academys em uma dimensão alternativa, ele incentiva os alunos a salvar seu filho Marcel do Duel Spirit Yubel. Casado anteriormente, o filho de Bonapartes está sob custódia de sua ex-esposa. Depois que Marcel é resgatado, Bonaparte pede desculpas por negligenciá-lo e deixar sua esposa para sua carreira, e os dois retornam à França no final da temporada. Nas versões em inglês e japonês, Bonaparte fala francês em algumas ocasiões. No último, ele também se refere ao arcaico "wagahai" e termina a maioria de suas frases com "de aru". No anime inglês, ele freqüentemente usa os termos franceses "feux pas" e "au revoir". Bonaparte joga um baralho do Exército de Brinquedo, que inclui cartas que detalham conquistas e coroação de Napoleão É, como os monstros Soldado de Brinquedo e Imperador de Brinquedo. Suas cartas de Soldado de Brinquedo são fisicamente fracas, mas ele as complementa em Forced March e Fife e Drum Corps, além de uma variedade de Trap Cards.